El día 7 de mayo, integrantes de varias comunidades Ch’ol, presentaron una demanda de amparo en contra del Presidente de la República, del Secretario de Salud Federal y del Director General del Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur) por la emisión tanto del acuerdo del día 6 de abril, emitido por el Secretario de Salud, como del Decreto del 23 de abril – firmado por el Presidente de la República-, mediante los cuales se determinaba la continuación del proyecto del Tren Maya, a pesar de la pandemia derivada del COVID-19. En dicho amparo se argumentaron violaciones a su derecho a la salud, así como afectaciones ambientales y a sus derechos como comunidades indígenas
El mismo 7 de mayo la Juez de Segundo Distrito de Amparo y Juicios Penales Federales del estado de Chiapas determinó conceder la suspensión provisional, señalando, entre otras cosas, que continuar con los trabajos del Tren maya ponía en riesgo la salud de las comunidades ch’ol de esos municipios, así como sus derechos a un medioambiente sano. Dicha suspensión provisional fue revocada por los magistrados del Tribunal Colegiado en Materia Administrativa con sede en Tuxtla Gutiérrez, con el argumento de que el riesgo de contagio por COVID-19 era incierto.
Sin embargo, el lunes, después de haber diferido cinco veces la audiencia incidental por la negativa de Fonatur a proveer la información que le requería el Juzgado, la Juez determinó conceder la suspensión definitiva a los integrantes de las comunidades Ch’ol, con lo cual existe una obligación tanto de Fonatur como de las empresas ganadoras de la licitación en ese tramo de detener todo trabajo correspondiente a cualquier obra que no sea la del mantenimiento de las vías ya existentes, hasta en tanto el juicio de amparo no sea resuelto.
La Juez, para fundamentar dicha suspensión argumentó que los integrantes de las comunidades “auto reconocidos indígenas, habitantes de la comunidad donde tendrá impacto el proyecto, en específico en el municipio de Palenque pudieran resentir una afectación a su esfera jurídica, concretamente en su derecho a la salud” pues la ejecución del proyecto del Tren Maya colisiona, actualmente con el fenómeno de salud nacional suscitado por el COVID-19, cuya existencia y dinámica de propagación está reconocida por el “Acuerdo por el que se establecen acciones extraordinarias para atender la emergencia sanitaria”, en el que se establece entre tantas medidas, “el distanciamiento personal por lo menos de metro y medio, y en la cual se reconoce que su propagación se encuentra estrechamente relacionada con la interacción social”.